Yogyakarta sebagai salah satu kota yang pernah menjadi ibu kota negara Indonesia menyimpan banyak sekali sejarah sejarah perjuangan kemerdekaan Republik Indonesia. Untuk mengenang perjuangan bangsa ini menghadapi penjajah serta untuk mengenang setengah abad masa Kebangkitan National maka didirikanlah sebuah museum bernama Museum Perjuangan Yogyakarta. Museum ini lahir dari keinginan para bapak bangsa untuk mengenang peristiwa Hari Kebangkitan Nasional yang diprakarsai oleh Dr. Sutomo pada 20 Mei 1908.
Pembangunan dimulai pada 17 Agustus 1959 dengan peletakan batu pertama oleh Sri Paku Alam VIII di halaman Ndalem Brontokusuman, Yogyakarta. Dilanjutkan dengan pencangkulan pertama pada tanggal 5 Oktober 1959 juga oleh Sri Paku Alam VIII. Proses pembangunan museum membutuhkan waktu 3 tahun dengan ditandai oleh peletakan batu terakhir oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX pada tanggal 29 Juli 1961. Pembukaan museum secara resmi dilaksanakan pada tanggal 17 November 1961 oleh